No caso do youtube, eles vêm usando parâmetros ruins pra codificação há um tempinho, tanto pra áudio quanto pra vídeo, e isso tem deteriorado muito a qualidade. Devem estar começando a ter problemas com armazenamento ou banda de rede, né?

Inclusive, eles andam fazendo algo que me incomoda muito, que é codificar vídeos em resolução maior com mais qualidade, e isso tá dando uma impressão pras pessoas que rodar um vídeo em resolução maior do que a da sua tela dá ganho de qualidade, o que é uma mentira. O que faz esse efeito no youtube é a codificação diferente. Outra coisa que me incomoda é que eles pegaram material antigo, que era nativamente de resolução baixa, mas muitas vezes com boa qualidade, e recodificaram tudo, deteriorando muito a qualidade, ficando uma merda até mesmo em tela de resolução baixa :(

Mas voltando ao áudio, você faz bem em armazenar em formato sem perdas, porque garante que vai sempre poder ouvir. Se surgir um formato novo no futuro e aparelhos deixarem de suportar os atuais, você pode recodificar a partir da fonte flac para o novo formato tranquilamente. Já não se tem garantia hoje de que haverá a versão de boa qualidade disponível no futuro. Estão fazendo o “fechamento dos comuns” na internet e perdemos mais e mais conteúdo todos os dias.